В 1907 году митрополит Серафим стал присутствующим членом Святейшего синода, занимался церковно-приходскими вопросами. Во время Первой мировой войны организовывал помощь беженцам, оснащал необходимыми средствами госпитали и санитарные поезда, призывал епархиальный клир вступать в ряды военного духовенства, а приходских причетников — идти на военную службу. Собирал пожертвования для раненых воинов.
После октябрьского переворота 1917 года начались преследования со стороны новой власти. В 1921 года было издано постановление судебной тройки ВЧК о его заключении в концлагерь сроком на два года В тюрьме владыка тяжело заболел, его выпустили, но потом все-таки выслали в Архангельскую область. Срок он отбыл, вернулся в Москву, но там его снова арестовали по обвинению в организации прославления преподобного Серафима Саровского в 1903 году.
В 1928-1933 гг. возлавлял Ленинградскую кафедру. Это были годы фактического разгрома церкви: приходские храмы массово закрывались, большинство оставшихся заместителю патриаршего местоблюстителя митрополиту Сергию не подчинялись, монашескую жизнь в Ленинграде фактически ликвидировали…
В 1933-м Временный патриарший синод уволил его на покой, и последним его пристанищем стали две комнаты в дачном домике недалеко от станции Удельная под Москвой. Жил владыка тихо, молился, много читал, сочинял церковную музыку, рисовал, писал иконы, из дома почти не выходил – из-за одышки и гипертонии он вообще с трудом двигался. Но у себя радушно принимал и иерархов, и друзей, и духовных детей, и родственников.
В ноябре 1937 года 82-летнего архиерея снова арестовали и обвинили в контрреволюционной церковную деятельности. А поскольку он был тяжело болен, в тюрьму его доставили на скорой помощи. Был расстрелян в декабре 1937 года на Бутовском полигоне.
Митрополит Серафим в своем кабинете в Воскресенском Новодевичьем монастыре. Ленинград, 1928-1933 гг.
Почему люди так тянулись к этому немощному старику, общаясь с которым человек неминуемо привлекал к себе внимание «карающих органов»? Может потому, что он собственной жизнью подтверждал свои слова, сказанные задолго до революции:
«Если пастырь не будет непрестанно действовать сердцем, не приучится о всем мыслить духовно, то он окажется никому не нужным. Высшая академия для пастыря — это угол, в котором висит икона и теплится лампада. В беседе с Богом научится пастырь непреложным истинам и правде как о настоящей, так и о будущей жизни».